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Scénario

Le jeu se déroule en 2037. L'histoire commence le 6 février 2036, lorsqu'un accident impliquant des ordinateurs devenus fous détruit de nombreuses grandes villes à travers le monde. La catastrophe massive est appelée « Problème de 2036 », mais il y a une prédiction selon laquelle il y aura un incident similaire en 2038. Ainsi, un groupe de scientifiques utilise le superordinateur Gaia pour créer un « Simulateur de Terre » pour empêcher que cela ne se produise, mais échoue parce que le potentiel de naissance humaine a chuté de façon spectaculaire. Les scientifiques introduisent ensuite la formule « Message d'Arecibo » dans le simulateur terrestre, amenant ainsi l'humanité dans un autre monde. Ils sont d'abord excités, jusqu'à ce qu'ils réalisent que les êtres humains du Earth Simulator ont eux-mêmes créé un autre Earth Simulator. Les scientifiques commencent à soupçonner qu’ils ne sont en réalité que le produit d’un simulateur terrestre à partir de créatures dont la position est au-dessus d’eux. L'histoire est centrée sur Takaoka Pollon, un hacker qui a la capacité de « sauvegarder et charger » comme dans un jeu vidéo. Grâce à son Hacking Trigger System, il peut intervenir sur la ligne du monde qui l'entoure.