Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

Scénario

L'histoire se déroule des milliers d'années dans le futur, lorsque l'humanité a depuis longtemps quitté la Terre, désormais appelée Jérusalem perdue, et a fondé un empire stellaire. La principale menace à laquelle l’humanité doit faire face est l’apparition d’une race extraterrestre surpuissante appelée Gnose. L'histoire reprend juste après les événements finaux du premier épisode. Shion Uzuki, la jeune ingénieure qui a conçu le puissant androïde KOS-MOS, arrive avec ses amis sur la planète Second Miltia. Ils visent à en apprendre davantage sur l'héritage du regretté scientifique de génie Joachim Mizrahi et à déjouer les plans des mystérieux antagonistes Albedo et Margulis. Jin Uzuki, le frère de Shion, qui n'a été mentionné que dans le premier chapitre, devient un personnage contrôlable important dans le deuxième épisode. Une grande partie du contenu de l'intrigue est consacrée à l'exploration du passé et des origines de Jr., ainsi qu'à son lien avec Albedo.