Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

Scénario

Le jeu commence dans l'Égypte ancienne, avec le prince Atem se faufilant hors du palais pour voir ses amis, Jono et Teana, sur le terrain de duel. Là-bas, ils assistent à une cérémonie organisée par les mages, qui est plus sombre que les cérémonies qu'ils accomplissent normalement. Après la cérémonie, Atem affronte l'un des prêtres, nommé Seto, et le vainc. Lorsqu'Atem revient au palais, il est rapidement envoyé au lit par Simon Muran, son tuteur et conseiller. Alors que Simon s'éloigne, il est informé par un garde que le grand prêtre Heishin a envahi le palais en utilisant une étrange magie. Muran cherche Heishin. Lorsque Muran le trouve, Heishin dit à Muran qu'il a trouvé le pouvoir obscur, puis utilise le Millennium Rod pour faire exploser Muran. Lorsque Heishin trouve Atem, il menace de tuer le roi et la reine égyptiens s'il ne remet pas le puzzle du millénaire. Muran apparaît derrière Heishin et dit à Atem de briser le puzzle. Atem obéit et Muran s'enferme lui-même et Atem à l'intérieur du puzzle, pour attendre que quelqu'un le réassemble. Cinq mille ans plus tard, Yugi Mutou réassemble le puzzle. Il parle à Atem dans le puzzle et Atem donne à Yugi six cartes vierges. Ne sachant pas à quoi ils servent, il les emmène dans un tournoi de duel. Après avoir vaincu l'un des duellistes, l'une des cartes est remplie d'un objet Millennium. Réalisant à quoi servent les cartes, Yugi termine le tournoi et remplit les six cartes avec des objets du millénaire. Cela permet à Atem de retourner à son époque. Une fois à son époque, Muran raconte à Atem ce qui s'est passé depuis qu'il a été enfermé. Heishin et les mages ont pris le contrôle du royaume avec les objets du millénaire, et le seul moyen de libérer le royaume est de récupérer les objets des mages qui les gardent. Après avoir transmis cela, Muran meurt. Après avoir rattrapé Jono et Teana, il se rend au palais détruit et le fouille. Il trouve Seto, qui lui donne une carte avec les emplacements des mages et les objets du Millénaire, et lui demande de vaincre les mages. Après qu'Atem ait récupéré tous les objets du millénaire sauf un, Seto le conduit à Heishin, qui détient le bâton du millénaire. Atem bat Heishin, mais découvre que Seto possède le Millennium Rod et voulait simplement utiliser Atem pour rassembler les objets en un seul endroit. Atem se bat contre Seto pour les objets et le bat, mais après le duel, Heishin saisit les objets et les utilise pour invoquer le DarkNite. Dans l'espoir d'utiliser le DarkNite pour détruire ses ennemis, il n'a pas l'objet pour prouver son autorité et par conséquent, le DarkNite transforme Heishin en carte. Heishin est désormais transformé en carte à jouer, DarkNite se moque désormais de Heishin avant d'incinérer la carte. Après qu'Atem ait montré qu'il possédait les objets du millénaire, DarkNite le défie en duel. Atem le bat et il se transforme en Nitemare, qui défie à nouveau Atem. Atem le bat à nouveau et Nitemare revient à contrecœur d'où il vient. Atem est alors capable de prendre le trône et de diriger son peuple en paix.