Mega Man X3

Cốt truyện

Zero, người đã trở lại với tư cách là một thợ săn bất thường, trở thành chỉ huy của Đơn vị Lực lượng Đặc biệt Zero và tiếp tục truy quét những kẻ bất thường cùng với X, người đang hoạt động với tư cách là chỉ huy của Đơn vị Tinh nhuệ thứ 17 và các thợ săn khác trong đơn vị. Cùng lúc đó, Tiến sĩ Doppler, một nhà khoa học thuộc loại repliloid, đã tiến hành nghiên cứu tiết lộ sự thật rằng virus máy tính "Sigma Virus" là nguyên nhân gây ra những bất thường, đã phát triển một loại virus kháng thể đặc biệt và đề xuất tiêm nó vào các repliloid. Kết quả là số lượng vi phạm giảm đi. Hơn nữa, Tiến sĩ Doppler tuyên bố rằng ông sẽ xây dựng "Doppeltown", một thành phố yên bình nơi con người và người sao chép có thể cùng tồn tại, đồng thời ông đã nhận được sự ủng hộ của cả con người và người sao chép. Tuy nhiên, vài tháng sau, Doppler và Repliroids của anh ta, những người đã tiếp xúc với loại virus kháng thể nói trên, đã nổi loạn. Các Thợ săn bất thường công nhận Doppler và những người tham gia cuộc nổi dậy là những kẻ bất thường, còn X và Zero được lệnh bắt tay vào hành động.