Syphon Filter 2

Cốt truyện

Vài giờ sau sự kiện của trò chơi đầu tiên, Gabriel Logan và Lian Xing trở thành kẻ thù của nhà nước đối với Cơ quan sau khi phát hiện ra mối liên hệ của nó với Bộ lọc Siphon, vốn bị công chúng coi là khủng bố. Đặc vụ Dillon Morgan bắt Lian tại nhà kho PharCom, buộc Gabe và các binh sĩ CBDC phải gặp cựu đặc vụ Teresa Lipan ở Arizona. Đồng thời, Cơ quan điều động một phi đội F-22 Raptors để chặn chuyến vận chuyển của chúng qua Colorado Rockies. Gabe và Trung úy CBDC Jason Chance đi xuống núi, tìm kiếm máy bay của họ và hộp đĩa dữ liệu PharCom. Đặc vụ Steven Archer cố gắng ngăn chặn họ bằng mọi giá. Một nhóm âm mưu, bao gồm Mara Aramov và Giám đốc Cơ quan Lyle Stevens, thực hiện một thỏa thuận giao virus cho một vị tướng Trung Quốc lừa đảo tên là Shi-Hao. Trong khi đó, Lian hồi phục tại căn cứ Không quân Hoa Kỳ, nơi Morgan, Derek Falkan và Thomas Holman làm việc với Tiến sĩ Elsa Weissinger của PharCom để chiết xuất huyết tương bị nhiễm bệnh từ các đối tượng thử nghiệm. Lian biết rằng đối tượng còn lại là Giám đốc điều hành PharCom Jonathan Phagan, người đã sống sót sau vết thương do đạn bắn đủ lâu để Cơ quan lấy huyết tương. Weissinger phản đối rằng Phagan rất hữu ích và nên được giữ lại để nghiên cứu thêm. Tuy nhiên, Morgan, không có ý định để chính phủ Hoa Kỳ phát hiện ra Giám đốc điều hành của Pharcom bị nhiễm một loại virus không xác định, nên đã vô hiệu hóa thiết bị hỗ trợ sự sống của ông ta, buộc phải giải quyết xong. Lian trốn thoát khỏi tòa nhà y tế và thẩm vấn Holman để biết rằng Morgan đang lên kế hoạch cho một hoạt động khác tại Trung tâm Triển lãm PharCom để tìm một đĩa mã hóa. Sau khi giết Falkan, cô rời căn cứ trên một chiếc trực thăng và hợp tác với Gabe để chiến đấu với lực lượng của Archer. Gabe bắn Archer khi anh ta trốn thoát và lấy lại dữ liệu PharCom. Các nhân vật chính theo Holman đến Trung tâm Expo và giết Morgan trước khi anh ta có thể lấy lại chiếc đĩa mà anh ta tìm kiếm. Sau khi giải mã dữ liệu PharCom, Teresa nhận ra rằng một số thông tin bị thiếu. Nửa còn lại phải có giám đốc SVR người Nga Uri Gregorov, người đã xuất hiện tại nhà kho trước khi Gabe rời đi. Vì Lian và Uri quen nhau nên họ đồng ý gặp nhau ở Moscow. Aramov xúi giục đấu súng khi họ gặp nhau và Lian truy đuổi Gregorov. Lian sau đó biết được mình là kẻ mạo danh làm việc cho Mara và đang cố gắng tìm kiếm nửa dữ liệu còn lại. Người đàn ông thừa nhận rằng Gregorov thật đang ở trong một nhà tù Aljir của Nga, nơi từng giam giữ Lian. Gregorov phát hiện ra âm mưu bán virus cho Shi-Hao nên Aramov đã can thiệp. Lian ngăn chặn cuộc hành quyết Gregorov nhưng gần như bị virus giết chết và gục xuống. Gabe đưa cô trở lại Hoa Kỳ, trong khi Gregorov hứa sẽ xử lý Shi-Hao. Gabe và Teresa quay trở lại ngôi nhà an toàn ở Virginia do Lawrence Mujari, một nhà nghiên cứu bệnh học tự do, giám sát. Họ đã trao đổi dữ liệu PharCom với Cơ quan vắc xin của Lian. Giám đốc Stevens qua mặt Gabe trong phòng thí nghiệm của Cơ quan ở Thành phố New York, nhưng Logan trốn thoát và buộc bác sĩ Weissinger phải tiêm vắc xin cho anh ta. Gabe cũng phát hiện ra rằng Chance đã sống sót sau nhiệm vụ ở Colorado, điều này đã giúp anh được tự do. Bị truy đuổi bởi cảnh sát NYPD SWAT và nhân viên Cơ quan, Gabe vội vã quay trở lại trực thăng của họ. Trên đường đi, Logan buộc phải che chở cho một sĩ quan SWAT có đồng đội bị thương. Anh ta làm như vậy, nhưng Stevens, người sau đó bắt cảnh sát làm con tin, ra lệnh cho anh ta thả vũ khí xuống. Mặc dù Logan tuân theo lệnh đầu hàng, Stevens vẫn giết chết viên sĩ quan. Trước khi kịp bị bắn, Gabe đã bị ném xuống cống do một vụ nổ do Teresa gây ra. Gabe cho rằng Chance đã bị giết trong phòng thí nghiệm vì Teresa nói rằng anh ấy chưa bao giờ lên được trực thăng. Gabe và Teresa cuối cùng dồn Stevens vào chân tường, và Gabe bắn anh ta một cách máu lạnh. Gabe và Teresa đến trực thăng để tìm Chance đang đợi trong bộ áo giáp không thể xuyên thủng do Cơ quan cấp. Anh ta đang làm việc cho họ và anh ta đã bắn Teresa. Gabe nghi ngờ điều đó vì Cơ quan luôn biết anh ở đâu ở Colorado. Cả hai người đàn ông chiến đấu, và Gabe giết chết người đàn ông mà anh ta tin tưởng bằng một khẩu súng ngắn tấn công đẩy Chance vào cánh quạt trực thăng, chặt đầu anh ta. Một bản tin tiết lộ rằng sự tồn tại của Cơ quan hiện đã được công khai và Ngoại trưởng Hoa Kỳ Vincent Hadden hứa rằng chính phủ sẽ điều tra. Gabe chữa khỏi bệnh cho Lian và xây mộ cho Teresa. Anh, Lian và Lawrence tổ chức một buổi tưởng niệm nhỏ và hứa sẽ tiếp tục chiến đấu trong khi những người lính theo dõi họ từ xa. Trong một cảnh hậu tín dụng, Hadden và Aramov bước ra từ một chiếc trực thăng, Aramov nói rằng Chính quyền sẽ sớm sụp đổ, cho phép Hadden trở thành Tổng thống. Mặc dù một nhóm binh lính yêu cầu được phép giết Gabe và nhóm của anh ta, Hadden đã hủy bỏ chiến dịch và nói với Mara rằng anh ta có kế hoạch khác dành cho Gabe. Aramov cười khi màn hình chuyển sang màu đen.